用primer5 设计引物教程【个人经验】
最近有几位好友向我咨询primer5 设计引物的教程，为了方便大家使用该软件设计引物，特地作此教程，版权归本人所有（youlinglyw），转载请注明出处。
primer 5是个非常有用的软件，基本上目前引物设计都是基于primer系列，如ncbi是基于primer3。我觉得在这些版本里，最好的是5,primer6我也安装了，但是感觉不如5那么好用，太过智能了些。我们需要的是一个介于自动和人工选择之间的一个软件。
欢迎各位好友一起讨论。
下面，我认为大家已经安装好该软件
如果没安装的话，可以去搜索软件简单安装。
ps
Premier由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能，顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。
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京公网安备 11010802022153号
首先打开软件
左上角来操作
file——new——dna sequence
这一项可以把你复制的序列粘贴进去
当然，你也可以选择另一个
file——open——dna sequence
去open一个新的文件。
QQ截图20140311163834.jpg
QQ截图20140311163918.jpg
QQ截图20140311164008.jpg
在接下来的界面里
复制你的序列，于是就将序列导入了
QQ截图20140311164042.jpg
QQ截图20140311164143.jpg
QQ截图20140311164159.jpg
QQ截图20140311164225.jpg
点击primer按钮（图中箭头）
然后依次出现如下界面
点击search
进入下图界面开始设计引物
在此图中有6个部分，红色数字标示
1区，包括三部分，可以选择设计pcr引物，测序引物和杂交探针
2区，搜寻模式，包括正链，反链等，我们一般选最后一项pairs，出来一组引物
3区，引物的范围，上游引物所在范围，下游引物所在范围
4区，pcr 长度，根据需要设置
5区，引物长度，这个是调整的重点，前面是长度，后面是±
6区，选择模式，一般选auto，也可以手动
[ Last edited by youlinglyw on 2014-3-11 at 17:18 ]
下面是一个设计
我选择了
正链位于1-400内
负链位于500-910内
产物长度100-600
引物长度为20±1bp
输入后，出现下图界面
共有1000多条引物
点击ok
出现下面图
1区 右上角部分，代表所有的引物，按照分数排序，100为满分。
我们选择第一条，那么左侧就出现了primer的相关信息
2区 正反链选择
3区 显示引物的信息，本引物正链有harpin 结构（发夹），有dimer （二聚体），还有cross dimer（引物之间二聚体），效果不好
一般primer 5 设计引物，都要最少得90几，我一般都设计到98以上，这样才可以。
然后就是导出引物了
如下图说是
特别提示：在设计引物后，最好去检测一下引物
方法是UCSC 网站上的IN silico (http://genome.ucsc.edu/)
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr
然后输入你设计出来的引物
这样就可以输出你要的结果了
祝大家天天开心，
马克 开完会回来看看
很不错！赞一个