摘抄--如何用Primer Premier5.0验证已知引物
(2016-05-06 12:03:15)
摘选---如何用Primer Premier5.0验证已知引物
如何用Primer Premier5.0验证已知引物
我们做实验,有时会用到别人已经用过的引物,但如何才能知道这个引物是否正确呢?可利用Primer
Premier5.0来验证引物。
下面以常用内参GAPDH为例将验证过程介绍如下:
GAPDH的引物序列来自一片外文文献:
上游:AATGCATCCTGCACCACCAA (此为3端-M)
下游:GTAGCCATATTCATTGTCATA (此为3端-M)
所得片断为516bps。
首先在NCBI中查到GAPDH的mRNA序列。
然后打开Primer
Premier5.0,点File→New→DNA Sequence,将上面的mRNA序列复制到NewSequence
框内,注意选择as is。
先加上游引物:点Primer→点左上角s(sense)→点Edit
Primers, 将上游引物复制到编辑框(用Ctrl+V快捷键),注意选择as
is→点Analyze→点Prime,即可见输入的上游引物与模板匹配上了→点Ok。
再加下游引物:点左上角A(antisense)→点Edit
Primers,
将下游引物复制到编辑框(用Ctrl+V快捷键),注意选择reversed→点Analyze→点Prime,即可见输入的下游引物与模板匹配上了→点Ok。
此时即可看到上游和下游引物的相关参数。
注:在Primer
Premier5.0中,上游引物的显示方向为5′→3′,下游引物为3′→5′,均为从左往右看。
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